Aikidoliiton toiminnan ylin päättävä elin on liittokokous, joka järjestetään kaksi kertaa vuodessa. Käytännön toimintaa ohjaa hallitus, jonka päätösten toimeenpanossa liiton toimistolla ja toiminnanjohtajalla on keskeinen rooli. Päivittäisestä asioiden hoitamisesta vastaa liiton toiminnanjohtaja.
Toimintaa tukevat tekninen-, koulutus- ja juniorivaliokunnat, jotka vastaavat nimensä mukaisista osa-alueista.
